Analyse de données multi-omiques

Basique, Standard ou Avancée, à vous de choisir et de personnaliser l'analyse qui conviendra à votre projet.

L'expérience de SciLicium dans le traitement et l'analyse des données omiques nous permet de vous proposer différents types de service sur un large panel de technologies (puces à ADN, RNA-seq, ChIP-seq, single-cell RNA-seq, 5' ou 3' RNA-seq, métagénomique, ...) pour répondre à vos questions scientifiques.

Analyse basique

Analyse basique

Premier niveau d'implication de SciLicium dans votre projet, l'analyse basique - Vous avez des données massives et vous souhaitez au plus vite les explorer sans perdre de temps sur des étapes comme la normalisation, le contrôle qualité, SciLicium peut prendre en charge le prétraitement de vos données avec des procédures standardisées et adaptées. Ce passage indispensable permettra de vous assurer à la fois de la qualité du séquençage mais également de la qualité des échantillons avant d'entammer des étapes d'analyse longue et fastidueuse. L'analyse basique inclut trois étapes successives :

  • Contrôle Qualité avant la normalisation :
    • Qualité des données de séquençage
    • Distribution des lectures (reads)
    • Gènes détectés
  • Normalisation des données :
    • Normalisation et standardization des données
    • Correction des éventuels effets de batch
  • Contrôle Qualité après la normalisation
    • Analyse en composantes principales des échantillons
    • Corrélation entre les échantillons
Analyse standard

Analyse standard

Deuxième niveau d'implication de SciLicium dans votre projet, l'analyse standard de vos résultats - Après vous êtes assurés que vos données étaient de qualité vous souhaitez à présent rentrer dans le vif du sujet et répondre à certaines de vos interrogations. Malheureusement, vous n'avez pas les compétences bioinformatiques et biostatistiques pour répondre à vos questions. SciLicium dispose de toute l'expertise dans le domaine pour vous proposer des analyses statistiques appropriées qui vous permettront d'identifier de évènements d'intérêt (tels que des gènes différentiellement exprimés, la recherche de marqueur de sous populations cellulaires ou encore l'identification de marqueurs de populations cellulaires), de classifier ces évènements et d'identifier des fonctions biologiques statistiquement associées avec ces observations (analyse fonctionnelle).

Analyse avancée

Analyse avancée

Dernier niveau d'implication de SciLicium dans votre projet, l'analyse avancée. Ici, vous ne cherchez pas uniquement un service qui vous permettra d'analyser vos données, mais une implication beaucoup plus étroite de SciLicium dans l'exploration et l'interprétation de vos résultats. SciLicium peut alors utiliser toute une batterie d'approches statistiques exploratoires (analyses multivariées (ACP, ACM, AFM)), de modèles prédictifs basés sur du Machine Learning/Deep Learning (SVM, PLS, Random Forest, réseaux de neurones), d'intégration multi-omique pour extraire la sustantifique moëlle de vos données en incluant, notamment, des informations supplémentaires (cliniques, thérapeutiques, etc...).

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